随着生态环境保护和温室气体减排压力的增加，特别是世界常规化石类能源储量的减少和价格的上涨，近年来，新能源的开发和利用得到许多国家的重视，并取得了长足发展。我国也不例外，在政策的大力扶持下，新能源发展突飞猛进。尽管新能源的优点显而易见，但其副作用同样巨大，出于对环境和安全的担忧，目前对于新能源还存在一些争论，新能源还缺乏广泛的社会认同和完善的市场环境，社会公众在观念上接受新能源尚需一个过程，制约了新能源市场的进一步扩大，急需政府加强宣传引导，扫清公众观念障碍，统一各方思想认识，为新能源的发展营造良好的市场和舆论环境。
一、核电的安全问题
唯有安全的前提下高效发展核电，核能作为未来我国经济社会发展所需要的重要支撑性能源的优势才能体现出来。
核电不会排放二氧化碳、具备稳定的负荷因子和较高的年运行小时数，不仅清洁，而且发电成本具有竞争力，是我国工业化发展模式下基荷能源的最优选择。目前，核电作为一种清洁安全的能源，与火电、水电一起构成了当今世界电力的三大支柱。现在我国的电源结构中，火电占比仍超过70%，比例偏高且高于世界平均水平一倍；水电占比约22%，是峰荷电源主力；核电占比1%，比世界平均水平低15个百分点，是基荷电源主力。
然而，核电的安全问题同样是其发展中绕不开的最大障碍，远的不说，近的如日本2011年3月发生大地震和海啸，导致该国的福岛核电站发生严重泄漏事故，日本核危机唤起全球范围内对核安全的关注，欧洲一些国家和日本甚至宣布“全面弃核”。2011年5月29日，由总理默克尔领导的德国执政联盟经过12个小时磋商，决定在2022年之前全面放弃核电站。瑞士政府决定暂停更新老化核能发电厂的计划，在彻底的安全审查之前，停建新的核电站。而日本北海道电力公司泊核电站3号机组在2012年5月5日晚11点停止发电，这意味着日本国内的所有核电站机组将全部停运，这也是日本在42年后再次进入“核电缺失状态”。2011年3月16日，我国也要求全面审查在建核电站，不符合安全标准的立即停止建设。同时，要求调整完善2007年10月出台的《核电发展中长期规划》；在核安全规划批准前，暂停审批核电项目，包括开展前期工作。
中电联发布的《电力工业“十二五”规划研究报告》明确指出，到2015年，我国将形成“东中部核电带”，即在辽宁、山东、江苏、浙江、福建、广东、广西、海南等沿海省区加快发展核电；稳步推进江西、湖南、湖北、安徽、吉林等中部省份内陆核电项目。江西彭泽核电项目、湖南桃花江核电项目以及湖北咸宁核电项目，已经是国家计划内的首批内陆核电站。此外，河南、四川、重庆也在展开前期的选址调研工作。在福岛核事故之后，我国对内陆核电建设的争议更加高涨。认真对待内陆核电建设是应该的，但是内陆核电和沿海核电应该说都是安全的。福岛一号核电站泄漏是超涉及基准的自然灾害叠加造成的事故，9级地震并没有严重破坏核电站建筑物，最主要的原因是海啸切断了应急电源，而内陆发生海啸的可能性很小。
而对于公众关心的内陆水源是否会受到污染，实际上所有的核电站在排放中都有严格的规定和要求，只要不发生类似福岛核事故一样堆芯融化产生的高浓度废液排放，就不会有超标的放射性物质向水源排放的可能性。对于洪水，主要考虑山洪爆发和水库决堤等突发的严重灾害。核电站应该是在选址时做了充分的考虑，即百年或者更长时间的记录中，选址所在地江河洪峰的最高水位是多少，这样的水位情况下，洪水是否能倒灌进反应堆厂房，淹没反应堆。唯有安全的前提下高效发展核电，核能作为未来我国经济社会发展所需要的重要支撑性能源的优势才能体现出来。但是内陆核电的建设，还是要期待《原子能法》及子法、核安全规划等出台后，才能明确一些东西。
二、环境污染问题
目前国内大多数光伏企业规模较小，为了节约成本，没有采用最先进的生产工艺和设备，也没有对污染物进行无害化处理，从而导致了一系列环境问题。
近年来，我国新能源产业的快速发展是建立在国内外资金快速投入的基础之上，在关键工艺、设备和原材料供应方面，仍严重依赖进口，技术落后除造成价格无法下降、竞争力薄弱外，还容易引发环境污染问题，特别是目前国内大多数高纯多晶硅企业仍面临物料闭路循环和废液废气污染物回收处理等方面的技术瓶颈，存在四氯化硅副产品的环境污染风险，成为中国高纯硅行业发展的重大制约因素。光伏产业特别是上游多晶硅环节发展时间短，在发展初期由于技术尚未完全掌握，部分企业存在能耗高、副产物得不到充分利用等问题，光伏产业戴上了所谓“双高”的帽子。多晶硅生产的副产物主要为四氯化硅，1吨多晶硅对应10—20吨四氯化硅，四氯化硅废液如果直接排放处理会对环境造成极大危害。
而目前国内的现状是大多数光伏企业规模较小，为了节约成本，没有采用最先进的生产工艺和设备，也没有对污染物进行无害化处理，从而导致了一系列环境问题。2011年9月19日下午，晶科能源召开紧急发布会，就其浙江海宁工厂的污染问题予以解释，并证实公司确实存在污染，已全面停产1.2G瓦的电池生产线。据浙江电视台报道，晶科附近河道水质氟化物超标10倍，而国内有些光伏企业周围河流的氟化物超标可能达到100倍。杜绝光伏产业中的污染问题，技术不是关键，成本才是问题的核心。处理污染物要求企业采用先进的生产工艺，这将会大幅增加光伏企业的生产成本，对于竞争激烈的光伏产业而言，大多数中小企业不愿意承担这样的成本，从而导致污染问题难以杜绝。另外，城市中的光伏电池表面玻璃和太阳能热水器集热器在阳光下反射强光，会形成光污染，也会给周边人群带来影响。生物质能发电时木料燃烧造成的温室气体排放甚至超过了煤炭。
三、资源保障问题
我国应当走以废弃物和纤维素为原料的生物质能源发展之路，但目前技术尚未成熟。
我国人多地少、粮食自给率低的现实国情注定了我国不能用粮食制作燃料乙醇，生物质能“与粮争地”的矛盾在我国尤其突出，这一实际情况决定了我国应当走以废弃物和纤维素为原料的生物质能源发展之路，但目前技术尚未成熟。对于一个人口大国而言，粮食安全必须优先得到保障，尤其是在近年来耕地面积逐步下降与自然灾害频发的背景下，玉米制备乙醇的纷争，很大程度上可以归结为养人还是喂车，而答案不言自明。尽管有着广阔丰富的农林基础条件，但农业生产水平不平衡与效率低下，让原料的质量与收集难以保证，随着收集半径增大，运输成本越来越高。秸秆、皮壳用作柴火或直接焚烧的粗放形态随处可见。而各地日益严重的水土流失及导致的塌方、泥石流等地质灾害，也在提示着林业生物质能的局限。受干旱、洪涝等自然灾害的影响，资源也不稳定。
此外，我国已经开展的新能源资源评价工作和已获得的新能源资源评价数据，仍不能满足高效、规模化开发利用新能源的需要。太阳能和风能资源的评价结果，只是根据现有气象站点的观测结果得出的大致资源总量和分布数据，在全面性、可信性、可用性等方面均有较大的局限性，对制定相关发展战略规划和实施有关开发利用项目的支持有限。在生物质能资源评价方面，目前对现有农林和工业废弃物的资源量估算有一定的基础，但仍停留在“纸上谈兵”阶段，可利用土地、优良能源植物品系、可用水资源条件、生物多样性影响等方面也没有系统全面的研究，并缺乏实际数据的验证。地热能、海洋能资源数据也大多是粗略估算的结果。
四、政策滞后问题
我国没有真正建立“市场配置资源，供需形成价格”的现代电力市场体制，电价形成机制还不完善，极大地制约了我国新能源的分散式开发。
目前，新能源发展中还存在许多政策障碍，阻碍了其效率的提高和市场的扩张。如在新能源的技术标准方面，国外十分重视新能源标准制定，欧洲各国都对新能源并网提出了严格的技术要求，并通过立法建立了严格的新能源并网检测制度，确保并网新能源满足技术标准要求。纵览海外风电市场的成长轨迹，许多国家都是事先明确了风电优先上网、政府补贴电价、可再生能源配额方式等产业规划，此后再着手风电技术的孵化工作。在这些要素得到夯实的基础上，发达国家才敞开产业发展的大门，放手新能源电力规模化发展。显然，我国风电行业正是因为忽略了对入门要素的培育工作，才导致如今进退维谷的两难境地。我国新能源并网政策和技术标准与新能源发展缺乏有效衔接，包括风电场接入、并网检测、调度运行三方面的风电并网技术标准，目前仅有部分国家和行业标准正在开展工作，并网标准滞后，标准体系尚不完善。风电的发展缺失风机制造、质量保证体系标准，缺失安装运营、维护管理以及与国情相适应的实时检测和故障诊断的技术标准。
目前新能源“并网难”的根本原因在于集中式开发模式，但世界各国通行的新能源分散开发在我国还面临着一系列体制机制障碍，尤其是我国还没有真正建立“市场配置资源，供需形成价格”的现代电力市场体制，电价形成机制还不完善，极大地制约了我国新能源的分散式开发。按照“厂网分开”的电力改革基本思路，经营输电网的企业属于自然垄断企业，其任务是为所有发电商和用电户提供公共服务，不以多盈利为经营目标。然而，现实情况却是，电网企业的收入仍然是全部来自发电环节与终端销售环节之间的“价差”。新能源“自发自用”一度电，则直接导致电网企业减少一度电的价差收入。在电网企业应得收入总量及其保障机制尚未落实的情况下，电网企业不愿接受千家万户自建的分布式新能源发的电，不同意实行这种全世界都已经普及的“自发自用”模式。
五、非常规能源的冲击问题
在未来几十年甚至几百年，非常规能源足够弥补常规能源的供应缺口。
非常规能源通常是指不能用常规技术生产、运输和提炼的化石类油气资源，如页岩气、油砂、致密砂岩油和重油等等。这类油气资源比常规石油和天然气的储层要深，勘探和开采难度大。然而，非常规能源在地球上储量巨大，美国、南美（巴西、巴拉圭和阿根廷）、非洲南部和北部、北欧和中亚等地区，都蕴藏着储量巨大的页岩气，加拿大则蕴藏着储量巨大的油砂。在未来几十年甚至几百年，非常规能源足够弥补常规能源的供应缺口。而且，非常规能源由于在化学结构上与常规能源有较大区别，还对减排和环保十分有益。相比新能源在一些关键技术上难以取得突破，非常规能源由于在勘探和开采技术上已经取得了突破性进展，一些国家已经开始大规模开发。如美国近年来开始大规模使用页岩气，促使民用天然气价格逐年下降。美国还计划到2035年，用非常规能源替代目前50%的石油供应量。由于技术领先、储量巨大，非常规能源生产不仅可以满足国内需求，而且有能力出口，美国在非常规能源开发利用方面已经尝到甜头。
