在中国核电发展史上，作为我国自主设计、自主建造、自主管理、自主运营的第一座大型商用核电站，秦山核电二期工程还创造了几项起眼或不起眼的记录。管中窥豹，正是这些记录奠定了我国进一步自主发展核电的基础。
首次按照国际上先进的核电站建造标准，不经原型阶段，自行设计、建造、调试和运行，并获得一次成功，属国内首创，国外罕见。
造价最低。秦山二核１号机组单位造价为１３３０美元每千瓦，远低于国内同期引进的核电站；根据世界能源组织最新公布的核电站单位功率造价，秦山二期是世界上建成和在建核电站中最低的之一。
实行“业主（企业法人）负责制、招议标制和工程监理制”的新型管理模式，首次把工程监理制应用于核电工程项目。
培养了中国第一代核电站女操纵员。操纵员是确保核电站正常安全运行的关键岗位，由于培养一名操纵员花费巨大，国际上常把核电站操纵员比喻为“黄金人”。秦山核电二期工程培养了目前国内仅有的两名反应堆女操纵员，她们于２００３年取得国家核安全局颁发的执照。
首次实现安全壳穹顶整体吊装，标志着核电站自主建造水平达到新阶段。秦山二期１号机组直径３７米、高１１米、重达１７３吨的安全壳穹顶是国内首次整体吊装的，此前的秦山一期、大亚湾核电站的安全壳穹顶都是分两片吊装，拼接而成的。
