2013年，秦山核电7台在运机组6次换料大修，在确保大修质量的前提下，连续刷新机组大修工期最短纪录，并提前完成公司年度发电任务，方家山工程调试重大节点目标如期实现。同时“两不误、两促进”，抓好深化改革，做好对外服务。当时钟定格在2013年的最后一刻，勤于耕耘的秦山核电人辞旧时收获的是再出发的信心；当2014年的金色阳光洒满大地时，勇于创新的秦山核电人迎新时满怀的是再前进的希望。
“1233”
7月，公司确定2013年和今后一段时间的工作目标与任务 ，即“一个核心、两个抓手、三个统一、三项任务”（“1233”）。始终坚持以安全生产为核心，以管理提升和绩效考核为抓手，实现全体员工的思想统一、目标统一、行动统一，全面完成安全发电、深化改革、对外服务三大任务，实现公司发展的新跨越。
超额发电
截至12月31日，中核运行7台机组2013年累计安全发电345.90亿千瓦时，完成中国核电下达全年发电任务的102.71%。在比上年多一次大修的情况下，超额完成公司年度发电计划任务。
刷新纪录
中核运行三厂1号机组第七次大修用时24.7天，刷新2号机组第6次大修用时29.4天的工期纪录，再次实现机组大修工期小于30天的目标。二厂3号机组第3次大修共历时21.3天，创造了中核集团公司所有在运机组大修工期最短纪录，为后续机组大修工作积累了良好经验。
安全整改
日本福岛核事故后安全整改项目有效实施，秦山核电已基本具备在极端自然灾害条件下确保机组安全的能力，综合应急响应水平得到进一步提高。10月8日，国家有关部委领导在现场检查时，充分肯定了秦山核电福岛核事故后安全整改项目的落实情况，并强调指出，只有抓好安全和质量，核电才有基础，才有前途。
CF2
6月20日，国产压水堆核电站第二代燃料组件（CF2）正式装入二厂2号机组反应堆进行辐照考验，这是中核集团公司重点科技专项研制工作的又一重要里程碑，对进一步推进燃料组件设计自主化、制造国产化的意义重大。中核运行具体承担了N36特征化燃料组件、国产第二代燃料组件（CF2）和国产第三代燃料组件（CF3）入堆辐照考验及相关工作任务。
大修优化
9月，国家有关部门正式批准秦山第三核电厂大修周期优化项目。三厂两台重水堆机组的大修周期时间由原18个月优化为24个月。三厂优化大修周期后，在保证两台重水堆机组安全发电水平不降低的基础上，可进一步提升机组负荷率，优化机组大修状态，提高相关工作安排的合理性。同时，项目实施后可使机组经济效益得到稳步提升。
深化改革
7月，中核运行正式启动第二阶段改革调整准备工作，成立第二阶段改革调整领导机构和工作机构，明确“领域管理模式”、组织机构实现“扁平化”的改革调整方向。12月，完成组织机构和职能调整、人员 “三定”、管理程序修订、改革宣贯、流程培训及执照文件审评等主线任务并具备整体切换条件。2014年1月6日，中核运行新管理模式开始运作，公司发展站上新的历史起点。
方家山调试
10月15日，方家山核电工程1号机组主系统水压试验提前二级进度计划4天圆满完成，这标志着其全面进入调试阶段。中核运行本着调试提前介入的方针，统筹协调，周密安排，确保本次试验顺利完成，从而为后续节点目标的实现奠定了基础。12月25日，方家山核电工程1号汽轮发电机组非核蒸汽冲转获得圆满成功！
企业文化理念
8月，中核运行《企业文化手册-理念形象篇》正式出版。为加强党建思想政治工作对企业文化建设的正确导向，中核运行坚持兼容并济、求同存异、取长补短、融合创新的原则，在总结梳理、问卷调查、征求意见的基础上，广泛汇集全员智慧，全面梳理公司文化脉络，提炼出统一的文化理念，为加快推进企业文化建设、促进文化融合提供了基本遵循。
首届职运会
10月19日至20日，秦山核电第一届职工运动会隆重举行，这是秦山地区专业化改革后首次举办的以促进文化融合、凝心聚力为主旨的秦山地区全员参与的体育盛会。秦山核电人秉持“追求卓越，挑战自我”的价值观，将融合与竞争、协作与挑战完美结合。此次运动会是一次对广大干部员工精神风貌的大检阅，是一次秦山核电文化的大融合。
